토끼를 쫓아 이상한 나라로, 앨리스의 기상천외한 모험이 시작된다! ( 색부분에 마우스를 대보세요! )
나른한 오후, 언니가 읽어주는 지루한 역사책 공부를 하던 앨리스 는 현실과는 전혀 다른 자신만의 세상을 상상한다.
앨리스는 조끼를 입고 회중시계를 찬 하얀 토끼를 발견한다. 앨리스는 바다로 변한 물웅덩이에서 벗어나, 젖은 몸을 말린다고 뛰어다니는 도도새 무리들을 만난다.
다시 앨리스는 하얀 토끼를 발견하고 그를 따라 숲으로 들어가서 쌍둥이 형제인 트위들디와 트위들덤을 만난다. 트위들디와 트위들덤은 하얀 토끼를 따라가려는 앨리스를 붙잡고 호기심 때문에 비극적인 사건을 겪게 된 굴과 바다표범 그리고 목수 이야기를 들려준다.
또 다른 이야기를 시작하는 트위들디와 트위들덤을 떠나 숲 속을 걷던 앨리스는 하얀 토끼의 집을 발견한다. 앨리스를 자신의 하녀로 착각한 하얀 토끼 때문에 집 안으로 들어갔다가 쿠키를 먹은 앨리스는 마구 커진다. 도마뱀 빌과 도도새가 하얀 토끼의 집에서 앨리스를 내쫓으려 여러 가지 시도를 하던 중에, 당근을 먹은 앨리스가 다시 줄어들면서 집을 빠져나온다.
말하는 꽃들의 정원에 도착한 앨리스는 꽃들의 아름다운 노래를 듣는다. 꽃들은 새로 등장한 앨리스에게 무슨 꽃이냐고 묻자 앨리스는 자신은 꽃이 아니라고 대답한다. 꽃들은 보잘 것 없는 들꽃이 분명하다면서 앨리스를 정원에서 쫒아낸다.
곧이어 앨리스는 버섯 위에서 담배를 피우는 쐐기벌레를 만난다. 넌 누구냐는 질문부터 시작하여 쐐기벌레는 줄곧 무례한 태도로 앨리스를 대한다. 화가 난 앨리스가 떠나려 하자 쐐기벌레는 다시 앨리스를 불러들여 몸이 커지고 작아지게 만드는 버섯의 비밀을 알려준다.
앨리스는 모자장수와 토끼, 동면 쥐가 벌이는 정신없는 티파티 에 참여한다. 버섯을 지니고 다시 길을 떠난 앨리스는 숲 한가운데에서 체셔고양이를 만난다. 하얀 토끼를 찾으려면 미친 모자장수에게 물어보라는 체셔고양이의 제안에 따라 미친 모자장수의 집을 방문한다. 미친 모자장수와 3월의 토끼, 동면 쥐와 함께 이상하고도 정신없는 티 파티를 하던 중 하얀 토끼를 발견한 앨리스는 다시 하얀 토끼를 뒤따라간다.
앨리스, 변덕스러운 하트의 여왕을 만나다!
어두운 숲 속에서 길을 잃고 두려움에 떨고 있던 앨리스에게 갑자기 체셔고양이가 나타나 여왕의 정원으로 통하는 문을 열어준다.
앨리스는 트럼프 병정들이 하얀 장미를 붉은색으로 칠하고 있는 것을 보고 그들을 돕는다. 갑자기 수많은 트럼프 병정들과 함께 하트의 여왕이 등장하여, 실수로 하얀 장미를 심은 병정들의 목을 베라고 명령한다.
한편, 병정들 옆에 있던 앨리스를 발견한 여왕은 함께 크로켓을 치자고 제안한다. 난폭하게 구는 여왕에게 유리하게 경기가 조작되자, 앨리스는 점차 화가 난다. 이때 하트의 여왕 옆으로 몰래 체셔고양이가 등장하고, 체셔고양이의 장난 때문에 여왕에게 망신스러운 사건이 벌어진다.
극도로 분노한 하트의 여왕은 모든 것이 앨리스 탓이라고 생각하고 앨리스를 재판에 넘긴다. 하트의 여왕을 만난 앨리스는 여왕에게 인사하는 법을 배운다. 엉뚱한 증인들의 불필요한 증언들을 듣던 중 다시 몰래 나타난 체셔고양이 때문에 재판정이 엉망이 되고, 화가 난 여왕이 앨리스에게 사형을 언도한다.
앨리스는 버섯을 이용해 재판정을 뛰쳐나와 도망 다니다가 위기의 순간 잠에서 깨어난다.